ศาสนาคริสต์เข้ามาในประเทศไทยยุคเดียวกับการล่าอาณานิคมของลัทธิจักรวรรดินิยม โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ชาวโปรตุเกส ชาวสเปน และชาวดัตช์ ที่กำลังบุกเบิกเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ซึ่งนอกจากกลุ่มที่มีจุดประสงค์ทางการเมืองและเศรษฐกิจแล้ว ยังมีบางกลุ่มที่มีจุดประสงค์เพื่อเผยแพร่ศาสนาคริสต์ โดยเฉพาะนิกายโรมันคาทอลิกเข้ามาเผยแพร่ บางประเทศบางสมัยปิดกั้นการเผยแพร่ บางประเทศบางสมัยเปิดเสรีแต่ผู้คนยังไม่นิยมเข้ารีต ขณะที่บางประเทศผู้คนส่วนใหญ่ยอมรับนับถือศาสนาคริสต์ พร้อมกับการครอบงำทางการเมืองและเศรษฐกิจแล้ว เช่น ฟิลิปปินส์ มาเก๊า ฯลฯ
ต่อมาจักรวรรดิอาณานิคมฝรั่งเศสเข้ามาได้เมืองขึ้นในอินโดจีน เช่น ประเทศเวียดนาม กัมพูชา ลาว โดยลักษณะเดียวกับโปรตุเกสและสเปน คือล่าเมืองขึ้นและเผยแพร่ศาสนาพร้อมกัน แต่ไม่ประสบผลสำเร็จนัก ทำให้อิทธิพลของศาสนาคริสต์ในกลุ่มประเทศนี้มีน้อย อาจเพราะการมุ่งผลทางการเมืองและเศรษฐกิจของผู้ปกครองจักรวรรดินิยมทั้งก่อนหน้าและขณะนั้น ทำให้จุดมุ่งหมายที่ดีงามทางศาสนาถูกผู้คนในประเทศพื้นเมืองตั้งทัศนคติว่ามีเจตนาแอบแฝงเสียส่วนใหญ่ ไม่ว่ามิชชันนารีจะมีเจตนาแอบแฝงจริงหรือไม่ก็ตาม
ขณะที่ประเทศไทยรอดพ้นจากการเป็นเมืองขึ้น ส่วนหนึ่งอาจเพราะการเปิดเสรีในการเผยแพร่ศาสนา ทำให้ลดความรุนแรงทางการเมืองลง[ต้องการอ้างอิง]
ศาสนาคริสต์ที่เผยแพร่ในไทยเป็นครั้งแรกตรงกับสมัยอาณาจักรอยุธยา ปรากฏหลักฐานว่าในปี พ.ศ. 2110(ค.ศ. 1567) มีมิชชันนารีคณะดอมินิกัน 2 คน เข้าสอนศาสนาให้ชาวโปรตุเกสรวมทั้งชาวพื้นเมืองที่เป็นภรรยา[9] ต่อมาจึงมีมิชชันนารีคณะฟรันซิสกันและคณะเยสุอิตเข้ามาด้วย บาทหลวงส่วนมากเป็นชาวโปรตุเกส
ระยะแรกที่ยังถูกปิดกั้นทางศาสนา มิชชันนารีจึงเน้นการดูแลกลุ่มคนชาติเดียวกัน กระทั่งรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ประเทศไทยได้มีสัมพันธภาพอันดีกับฝรั่งเศส ตรงกับรัชสมัยพระเจ้าหลุยส์ที่ 14 แห่งฝรั่งเศส ทำให้มีจำนวนบาทหลวงเข้ามาเผยแพร่ศาสนามากขึ้น และการแสดงบทบาททางสังคมมากขึ้น บ้างก็อยู่จนแก่หรือตลอดชีวิตก็มี ด้านสังคมสงเคราะห์ มีการจัดตั้งโรงพยาบาล ด้านศาสนา มีการตั้งเซมินารีคริสตัง เพื่อผลิตนักบวชพื้นเมือง และมีการโปรดศีลอนุกรมให้นักบวชไทยรุ่นแรก และจัดตั้ง คณะรักกางเขน
เมื่อสิ้นรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราชแล้ว ศาสนาคริสต์กลับไม่ได้รับความสะดวกในการเผยแพร่ศาสนาเช่นเดิม เพราะถูกจำกัดขอบเขต ถูกห้ามประกาศศาสนา ถูกห้ามเขียนหนังสือศาสนาเป็นภาษาไทย และภาษาบาลี ประกอบกับพม่าเข้ามารุกรานประเทศไทย บาทหลวงถูกย่ำยี โบสถ์ถูกทำลาย มิชชันนารีทั้งหลายรีบหนีออกนอกประเทศ การเผยแพร่ศาสนาคริสต์ยุติในช่วงเสียเอกราชให้พม่า[ต้องการอ้างอิง]
กระทั่งสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีกอบกู้เอกราชสำเร็จ แม้การเผยแพร่ศาสนาคริสต์เริ่มต้นขึ้นใหม่ แต่เพราะประเทศกำลังอยู่ในภาวะสร้างบ้านเมืองขึ้นใหม่ จึงไม่ก้าวหน้าเท่าที่ควร
เมื่อเข้าสู่ราชวงศ์จักรีแล้ว ชาวคริสต์อพยพเข้ามามากขึ้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พระองค์ทรงเปิดเสรีการนับถือศาสนา และทรงประกาศพระราชกฤษฎีกา รับรองเสรีภาพทางศาสนาทั่วราชอาณาจักร
ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว แม้ว่าสัมพันธภาพระหว่างไทยกับฝรั่งเศสไม่ดีนัก แต่พระองค์ก็ทรงรับรองมิสซังโรมันคาทอลิกเป็นนิติบุคคล
